针对信息系统建设复杂、难量化的特点，软件工程决算审计的重点是对系统的适用性、经济性、合规性、真实性、人力成本、硬件价格等进行监督查实，并发表意见和提出建议。

主要审计内容包括：
1．审查项目合同（包括补充合同）等执行情况、招、投标文件落实情况；
2．监理单位是否参与工程验收并签署监理意见，并向建设单位提交了最终监理档案资料；
3．项目的配置、功能、性能、培训、维保等是否实现，软硬件等是否都已配置齐备；
4．是否存在未经验收擅自交付正式使用情况；
5．系统功能是否通过检测，系统是否经过初验、甲方使用人员是否经培训后开始试运行；相关服务条款是否得到执行；
6．验收文档是否齐备，供货方是否将独立核算的财务资料作为验收资料提交并符合公安机关内审部门要求（如果需要）；
7．是否组织相关人员按照有关“施工及验收规范”和内部相关验收规定等办理项目验收手续；
8．是否有项目内容重复列项或项目内容虚列等增加造价的问题；
9．是否有降低配置（功能）、偷工减料、虚报工程量或变更、相互勾结等徇私舞弊行为；
10．是否有提高施工（开发）或集成收费标准，虚构清单（功能点）或虚高定额（单价）的问题；
11．是否有由项目建设单位和承建单位的双方核对、监理部门签证完整的设备（功能）清单；
12．财务报表、账册等财务资料是否齐全，结算资料是否齐全；
13．项目建设资金是否专款专用；是否执行先审计后付款、先验收后付款规定；
14．审计部门委托的社会审计机构或者聘请的技术专家是否认真履行了其职责，是否有违规违纪行为或者工作失误造成单位资金损失浪费的问题。

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